[Алексей Смирнов]

Предположим что ФНС успешно собрала транспортный налог с юридических и физических лиц и посмотрим что с этими средствами происходит далее.

Транспортный налог статьей 38 Налогового кодекса РФ относится к региональному налогу.
Это означает, что 100% налога собранного в закрома родины (статья 56 Бюджетного кодекса РФ) через некоторое время попадает в распоряжение субъектов Российской Федерации (областей, краев, республик) и там в соответствии с действующим региональным законодательством распределяется на нужды общества (Ст.12 НК РФ).

Рассмотрев некоторое количество регионов* в части бюджетного законодательства была обнаружено следующая закономерность, которую рассмотрим на примере Тверской области.

Открываем закон Тверской области N 88-зо от 28 декабря 2011 года "О дорожном фонде Тверской области" и внимательно читаем статью Статью 2 "Источники формирования Дорожного фонда"

Объем бюджетных ассигнований Дорожного фонда утверждается законом Тверской области об областном бюджете Тверской области на очередной финансовый год и плановый период в размере не менее прогнозируемого объема:
........
2) доходов консолидированного бюджета Тверской области от:
а) транспортного налога;
........

Никакого деления транспортного налога в рамках данной статьи нет - весь транспортный налог (с автомобилей, водных и воздушных транспортных средств)поступает в региональный дорожный фонд.

Далее открываем приложение №9 к закону Тверской области "Об областном бюджете Тверской области на 2016 год" №142-зо "Прогнозируемые доходы областного бюджета...." и убеждаемся что общая сумма транспортного налога (авто+водные+воздушные) коррелирует со значением, указанным в статистической отчетности по Тверской обл. - и там и там приблизительно 1,2 млрд рублей.

Затем посещаем официальный сайт ГКУ "Дирекция территориального дорожного фонда Тверской области" что бы убедиться, что в подведомственных ей работах указаны только автомобильные дороги, и нет ни одного объекта, связанного с водными путями.

Так организовано законодательство и в Калиниградской, Вологодской, Ярославской, Ленинградской и т.д....
_________________________
* Охотно допускаю что среди 85 регионов РФ есть отличающиеся от приведенного примера законы, поэтому с благодарностью приму уточнения к изложенному выше.