Я бы разделил три аспекта в данной теме
1. Бытовое загрязнение рек. Что тут говорить? На шашлык у нас выезжают все (ну или почти все) а вот убирают за собой далеко не все. Результат всем очевиден - загаженные одноразовой посудой, бутылками, банками и т.д и т.п. берега. Чем ближе населенный пункт, тем больше горы мусора по берегам.
Что делать с этим - систематическая разъяснительная работа на федеральном (!) уровне, особенно в школах. Ес-сно рейды по уборке территорий водоемов (да и прочих зон отдыха) на муниципальном уровне.
Сюда же можно добавить стихийные свалки дачников - то старые штиблеты, то газовая плита в лесу лежит. - организация сбора мусора в дачных поселках и деревнях
2. Загрязнение рек промышленными отходами и прочей хозяйственной деятельность человека - это область Росприроднадзора
3. Зарастание русел малых рек - систематическая плановая чистка местными администрациями.
Техника специализированная под решение таких задач есть и удачные примеры работ тоже.
Вот, кстати, в Тамбовской области в прошлом году успешный пример расчистки реки Жигалка
http://tmbtk.ru/news/society/1138/